Fijate la primera vez que abres NetBeans, durante la carga de la aplicacion, te indicara donde se guardaran todos tus trabajos. Nosotros crearemos proyectos y dentro de estos proyectos, se encuentra la carpeta "src". En esta carpeta, es donde guardaremos nuestro codigo con extension .java.
Por ejemplo, si tenemos un proyecto que se llama "MiProyecto", aqui se encontraran las siguientes carpetas "build", "nbproject" y "src". Pues bien, cuando creamos un nuevo codigo lo guardaremos, por ejemplo con el nombre, "ejemplo.java". Luego veras, que cuando compiles el codigo, el programa te creara otro archivo llamado "ejemplo.class". Este ultimo, es el "bytecode" compilado y se encuentra dentro del proyecto, en la carpeta "build", "Classes".
ABRIENDO EL ENTORNO DE DESARROLLO NETBEANS
Abre el programa y ves al menu principal "Window" y haz click en la opcion "Files", aqui es donde estaran todos tus proyectos y archivos.
Ahora, haz click en el menu principal "File" y "New Project". Selecciona la "Categoria Java" y luego "Java Application" y "Next".
Ponle un nombre de proyecto y deselecciona la casilla "Create Main Class" y "Finish". Acabas de crear tu primer proyecto.
Despliega tu proyecto y selecciona tu carpeta "src" y seleccionada haz click derecho de raton y selecciona "New" y "Java Class".
Ponle un nombre a tu clase, te aconsejo que empiece en mayuscula (pero nunca un numero), en este ejemplo lo podrias llamar "Ejemplo", y le das a "Finish". Acabas de crear tu primera clase (donde ira la programacion).